وزارت نیرو نیز با دریافت این ابلاغیه از سوی قاضی کمیسیون رسیدگی به امور آب‌های زیرزمینی استان اصفهان، مکلف شد تا هرگونه تخصیص و برداشت آب در حوزه زاینده‌رود مانند عملیات پروژه بن-بروجن را تا زمان تأمین منابع آبی جدید، متوقف سازد.

سالیان سال است که برداشت‌های بی‌رویه و فاقد مجوزهای قانونی و عدم پیشرفت مناسب پروژه‌های تأمین آب زاینده‌رود مشکلاتی را برای جاری بودن این رودخانه و تأمین آب استان به وجود آورده است.

پروژه بن-بروجن نیز یکی از همین دست اقدامات بود که انتقاد مردم، کشاورزان و کارشناسان را به دنبال داشت زیرا کارشناسان عقیده داشتند با اجرای این پروژه حیات زاینده‌رود به‌ طور کامل از بین خواهد برد.

در سالهای اخیر نیز کشمکش‌های زیادی بر سر این طرح وجود داشته و در حالی مسؤولان استانی چهارمحال و بختیاری این پروژه را قانونی می‌خواندند که نمایندگان استان اصفهان آن را به دلیل نداشتن مجوز از شورای عالی آب غیرقانونی و غیرمنطقی می‌دانستند.